行政部調查二次金改，指出台新併彰銀，當時財政部發出的公文有爭議。這不只讓當時的財政部長林全很生氣，也讓時任財政部次長的陳樹，得面對檢調約談。不過陳樹表示，他一切坦蕩面對，因為當時部長請假，次長代發公文，本來就是正常流程，至於公文內容有金改小組專門負責，不在他職權之內。

前金管會主委陳樹(97.12.1)：「造成大家的困擾，在這裡深深向各位致歉。」

卸下金管會主委，陳樹當時的委屈，不言可喻，但擔任公職多年，陳樹也很清楚，就算離開，責任依舊在，因此接下來的二次金改約談，陳樹坦蕩面對。前金管會主委陳樹：「不管哪個單位，需要瞭解事實的真相，我想我們都會配合，這都沒有問題，從事公職都是很難避免，大家有一些不同的看法，或不同的解讀現象，我想只要把事實弄清楚就好了。」

財政部調查彰銀和台新併購案，指出94年7月21日發出的公告，和決標只差一天，而且還同意讓出彰銀的過半董事權，這份爭議公文，居然是由當時的財政部次長陳樹所發，原來是當天部長林全植牙去了，但也因此讓陳樹捲入調查。陳樹：「對整個案子，那個案件也真的不是我決行，只是公文上面我代批，我想這整個決策過程，應該是他們參與的人會比較瞭解。」

部長不在，次長代發公文，陳樹說是照規定來，但簽公文要不要揹責任，陳樹指出二次金改有評估小組專門負責，對細節他並不完全清楚，但強調會配合調查。

只是1個多月前，陳樹才狼狽離開金管會，現在又因為4年前次長任內的案件遭到調查，對他來說，心裡恐怕不好受。